Pouco depois de Segami testemunhar um ataque suicida das Forças de Autodefesa aos alienígenas em um ato desesperado de enfrentamento, ele recebe notícias de sua mãe que o levam a ingressar na batalha.Seguido pelos Small 3, Segami se junta à organização de insurreição Rebellion e sai à frente de seus amiguinhos para participar da missão Shibuya, liderada pela tropa de guerrilha contra os invasores....

“Não quero mais deixar ninguém morrer!”Os Thunder 3 entram no território inimigo determinados!!A operação da Rebellion para resgatar Futaba finalmente começa! Entretanto, ao mesmo tempo, uma enorme frota de naves inimigas aparece ao redor do mundo, exterminando toda a humanidade, exceto no Japão!! Embora cheios de tristeza, com a ajuda do prisioneiro Gaudou, os Thunder 3 conseguem sequestrar uma n...

Se os Small 3 não fizerem isto, quem fará?A Missão Shibuya para afugentar os invasores se transforma em uma batalha feroz! Perdendo muitos companheiros no processo, Segami e os membros restantes da Rebellion usam sua arma secreta, Tuyokunal, para enfrentarem os superpoderosos alienígenas. Pouco a pouco, a maré da batalha parece virar a favor da Rebellion… Até que uma nova ameaça surge das fileiras...

Será que ele consegue resgatar Futaba?!Depois de se infiltrar na nave-mãe inimiga, Pyontarou finalmente se reúne com Futaba! A única coisa entre eles e a liberdade é o monstro mecânico alienígena, Gravitex Gigant! Em uma exibição de seu poder impressionante, Pyontarou esmaga o assaltante automatizado, apenas para ser lançado ao mar por um gigantesco laser disparado da persistente pilha de sucata. ...